Martin Haselböck ha studiato clavicembalo, organo, composizione e direzione d'orchestra a Vienna e a Parigi.

Vincitore di numerosi premi in concorsi organistici, ha intrapreso una carriera internazionale.

Come solista è stato ospite dei più importanti festival internazionali collaborando con orchestre sinfoniche sotto la direzione di Claudio Abbado, Lorin Maazel, Wolfgang Sawallisch, Riccardo Muti e Horst Stein. Martin Haselböck continua a tenere recital solistici.

Ha inaugurato strumenti a Nagoya, Heidelberg, Kobe, Atene, Lubecca e Treviso e ha vinto i più importanti concorsi (Parigi, Chartres, Dallas, Pretoria e Calgary). Ricopre il titolo di Organista di Corte e professore d'Organo presso l'Università di Vienna.

E' inoltre direttore artistico di alcuni festival musicali tra i quali l'"Austria Baroque Academy".

Degna di rilievo anche l'attività discografica che annovera più di 60 registrazioni con un repertorio che va da Bach a Liszt fino alla musica contemporanea. Frequenti gli inviti che riceve da parte dei compositori a dirigere le "prime" dei loro lavori; Ernst Krenek ha dedicato a Martin Haselböck i suoi due concerti per organo, Alfred Schnittke e Cristóbal Halffter hanno scritto per lui. Nel 2005 Haselbock ha eseguito le più importanti opere per organo nelle prestigiose sale: Gewandhaus di Lipsia, Disney Hall di Losa Angeles e Konzerthaus di Vienna, nella primavera dello stesso anno inciderà il secondo volume, tanto atteso, delle opere complete di Liszt eseguite sugli organi Romantici Tedeschi.

Nel 1985 Martin Haselböck è diventato direttore stabile della Wiener Akademie e da quel momento l'orchestra, che suona su strumenti d'epoca, tiene regolarmente un ciclo di concerti annuale presso il Musikverein di Vienna dedicato principalmente al repertorio Classico Viennese. L'Orchestra è di frequente ospite dei più importanti festival europei, ha una residenza presso la Cologne Philarmonic Hall e presso il Mozart Festival di Würzburg, si esibisce frequentemente nelle più importanti sale da concerto in Europa, Giappone, e Nord America.

Haselböck inoltre dirige e registra frequentemente titoli d'opera.

Il debutto in questo settore è avvenuto al Göttingen Händel Festival nel 1986. Ha quindi diretto numerose opere di Mozart in Germania, Svizzera, Olanda, Spagna ed è stato il primo a dirigere le produzioni nel Teatro Pfalzgau a Ludwigshafen in Germania delle più grandi opere di Mozart eseguite con strumenti originali.

La produzione del Don Giovanni realizzata a Praga è stata registrata dal vivo e distribuita dall'etichetta Novalis ed ha ricevuto il Premio Mozart di Praga nel 1991. Come direttore della Wiener Akademie ha registrato più di 40 CD tra i quali si ricordano i “Brandeburghesi” e le “Suite” di Bach, “Il Don Giovanni”, “Messe” e “Sinfonie” di Mozart, "La Creazione" e "Le Stagioni"di Haydn, tutte le “Messe” e le “Sinfonie” di Schubert. Tra le ultime registrazioni discografiche si cita una serie di 10 CD dal titolo "Musica Imperialis" commemorativa dei 500 anni di Musica di Corte a Vienna e l'incisione delle due sinfonie del compositore austriaco Johann von Herbeck, eseguite insieme alla Hamburg Symphony Orchestra per l'etichetta NCA.

Ha recentemente firmato un contratto con Capriccio per l'incisione delle “Sonate da Chiesa” di Mozart, la “Messa” di Schubert in la-bemolle maggiore e lo “Stabat Mater” di Pergolesi.

Il suo impegno nella ricerca all'interno degli archivi della Singakademie di Berlino si è concretizzato in una serie di prime registrazioni di importanti pagine di C. Ph. E. Bach, W. F. Bach, Graun e Benda.