Kolja Blacher è nato a Berlino, dove ha ricevuto le sue prime lezioni di musica. A 15 anni si è trasferito a New York per studiare alla Juilliard School e seguire i corsi di Dorothy DeLay. Dopo essersi perfezionato con Sandor Vegh a Salisburgo, ha iniziato una brillante carriera solistica internazionale. Nell'ottobre 1999 è diventato docente di violino e musica da camera presso il Conservatorio di Amburgo. Come solista ha collaborato con prestigiose orchestre, tra cui i Berliner Philharmoniker, Gewandhausorchester di Lipsia, Oslo Philharmonic Orchestra, Münchner Philharmoniker, St.Petersburg Philharmonic e Chamber Orchestra of Europe. Ha suonato con famosi direttori quali Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Carlo Maria Giulini, Daniel Harding, Vladimir Jurovsky, Mariss Jansons, Dmitrij Kitajenko, Lorin Maazel e Jonathan Nott. E' legato da una profonda amicizia musicale a Claudio Abbado e lavora regolarmente con l'Orchestra del Festival di Lucerna, fondata da Abbado nell'estate 2003 e composta esclusivamente da solisti. Altrettanto intensa è la sua attività nel campo della musica da camera con famosi partner, tra cui la violoncellista Natalia Gutman e i pianisti Vassilij Lobanov e Bruno Canino, con i quali suona spesso concerti in trio ed esegue recital. Oltre a numerose registrazioni radiofoniche, gli é stato dedicato un ampio "ritratto televisivo" da parte della SFB di Berlino. La registrazione dei Concerti per violino di Boris Blacher ha ottenuto il Diapason d'oro nell'ottobre 1994. Il CD con la Kammermusik n. 4 di Hindemith, registrato per la EMI sotto la direzione di Claudio Abbado, gli è valso il Premio trimestrale della Critica discografica tedesca e il Premio per la "Best Small Ensemble Performance". Ha registrato anche tutti i Concerti per violino di Bach per la Naxos. Il suo CD più recente con le Sonate per violino di Schumann, Bartók e Holliger, inciso insieme a Bruno Canino al pianoforte, ha ricevuto un'accoglienza entusiastica da parte della critica. La stagione 2005/06 lo ha visto impegnato in concerti di musica da camera e con orchestra (come il Concerto per violino di Elgar con la Mahler Chamber Orchestra diretta da Daniel Harding) al Festival di Lucerna e a Roma. Blacher suona a Siviglia, Seoul e in Giappone con la Gewandhaus Orchester Leipzig e Vladimir Jurovsky, Guerzenich Orchester Koeln e Markus Stenz, Bamberger Symphoniker e Jonathan Nott, KBS Symphony Orchestra di Seoul e Michiyoshi Enoue e con la NRD Radiophilharmonie e Gustavo Dudamel. A maggio 2006 ha debuttato all'Accademia di Santa Cecilia, della cui orchestra è stato contemporaneamente solista e direttore.
Kolja Blacher suona il famoso Stradivari Tritton del 1730, comprato e prestato da Ms Kimiko Powers (in collaborazione con il Nippon Violin Museum).