Ha studiato alla Staatliche Hochschule für Musik di Friburgo dove ha ottenuto il diploma 'con menzione' in canto. Terminati gli studi viene ingaggiata dallo Stadttheater di Basilea, cui seguono gli impegni come artista della compagnia allo Staatstheater di Darmstadt e alla Niedersächsische Staatsoper di Hannover. In questi teatri e in altri teatri tedeschi ha sostenuto numerosi ruoli fra cui la Regina della Notte ne Il flauto magico di Mozart, Gilda in Rigoletto,  Zerbinetta in Arianna a Nasso e  Sophie ne Il Cavaliere della Rosa. In questi anni  Isolde Siebert ha anche arricchito il suo repertorio concertistico che oggi spazia da  Bach a Beethoven fino a Frank Martin.

Da vari anni Isolde Siebert si dedica alla musica contemporanea di cui è divenuta un'interprete molto apprezzata, tanto che numerosi compositori hanno scritto per lei opere che ha interpretato in prima assoluta. Ha cantato partiture di Dieter Schnebel, Wolfgang Rihm, Olga Neuwirth, Bernd Alois Zimmermann, Aribert Reimann, Hans Werner Henze, Pascal Dusapin, Karlheinz Stockhausen. Fra i direttori  con cui Isolde Siebert ha collaborato si ricordano Udo Zimmermann, Michael Gielen, Lothar Zagrosek e specialisti della musica antica come Christopher Hogwood, Philippe Herreweghe and Sigiswald Kuijken con cui nel 2004 ha inciso Il flauto magico ( Regina della Notte) dal vivo al Festival di Bearne, incisione che ha ricevuto lo “Choc de la Musique.

Nel 2000 ha interpretato in vari teatri del Belgio e dell'Olanda Konstanze ne Il ratto dal serraglio con la Petite Bande diretta da Sigiswald Kuijken, con un ripresa in tournée in Messico. Al Festival dello Schleswig Holstein ha cantato musiche di Schönberg mentre alla Deutsche Oper di Berlino ha ripreso il ruolo di Regina della Notte. Nel 2001 ha cantato a Monaco di Baviera Extasis di Dieter Schnebels con l'Orchestra della Radio Bavarese diretta da  Lothas Zagrosek.

Nel 2002 ha preso parte alla prima esecuzione assoluta della composizione di Karlheinz Stockhausen  Engelsprozessionen  ad Amsterdam e Berlino e nel 2003 ha eseguito in prima assoluta Düfte-Zeichen di  Stockhausen al Festival di Salisburgo. A Basilea ha poi interpretato  il Requiem di Mozart e la prima esecuzione di Jüngst und einst di Paul Suits.

Nel dicembre 2004 Isolde Siebert è stata chiamata alla Scala di Milano per il ruolo di Europa nell'opera Europa riconosciuta di Anonio Salieri, direzione di Riccardo Muti e  regia di Luca Ronconi. Nel marzo 2005 ha cantato a Berlino la prima assoluta della Decima Sinfonia di Schnebel con la Deutsches Symphonie-Orchester Berlin. Isolde Siebert è poi tornata a Berlino per  cantare nel ruolo di Wacoba nell'opera Chief Joseph di Hans Zender,  presentata allo Staatsoper di Berlino. Nel luglio 2005 è stata invitata dal Festival di Beaune per un concerto mozartiano.

Nel dicembre 2005 ha colto un grande successo personale nel ruolo di Hilda Mack, nella applauditissima messa in scena di Elegy for young lovers di H.W.Henze presentata al Teatro delle Muse di Ancona e premiata con il Premio Abbiati 2006, regìa di Pierluigi Pizzi, direzione di Lothar Koenigs. In luglio è stata Donna Elvira nel Don Giovanni al Festival di Beaune, mentre nell'ottobre 2006 ha cantato il Requiem di Faurè e una nuova composizione di Martin Derungs con la Basel Sinfonietta alla Tonhalle di Zurigo.
Isolde Siebert riprenderà  Elegy for young lovers nella stagione 2007 al Teatro San Carlo di Napoli, direttore Jonathan Webb.